Atualmente a Justiça Eleitoral do Estado do Amapá conta com sede própria e 10 Zonas Eleitorais nos Municípios
Em 10 de fevereiro de 1992, na cidade de Macapá/AP, o TRE foi instalado provisoriamente nas dependências também provisória do Tribunal de Justiça do Estado do Amapá, então localizado na Rua Leopoldo Machado, Nº 2529, bairro do Trem e teve na primeira eleição, composto de seu pleno o desembargador Mário Gurtyev (presidente), desembargador Gilberto de Paula Pinheiro (vice-presidente e corregedor regional eleitoral), Dr. Daniel Ribeiro (juiz federal), Dr. Carmo Antônio de Souza (juiz de direito), Dr. Raimundo Vales (juiz de direito), Dr. Edinardo Maria Rodrigues de Souza e Dr. Antônio Cabral de Castro (ambos representantes da OAB).
Eram cinco as zonas eleitorais existentes: 1ª ZONA – MUNICÍPIO DE AMAPÁ; 2ª ZONA – CAPITAL; 3ª ZONA – MUNICÍPIO DE CALÇOENE; 4ª ZONA -MUNICÍPIO DE OIAPOQUE E 5ª ZONA – MUNICÍPIO DE MAZAGÃO. Os servidores que então compunham a secretaria do tribunal e zonas eleitorais foram requisitados de outros órgãos da administração pública.
Em março de 1993 foi realizada a segunda eleição para a presidência e para a Vice-Presidência e Corregedoria Regional Eleitoral. Foram eleitos para presidente os desembargadores Gilberto de Paula Pinheiro (Presidente) e para vice-presidente e corregedor Regional Eleitoral o desembargador Luiz Carlos Gomes dos Santos, para o biênio 1993/1995.
O desembargador Gilberto Pinheiro, após assumir a presidência do TRE/AP, identificando de imediato a precariedade nas instalações do tribunal, sensibilizou os membros da Assembleia Legislativa do Estado do Amapá, para que autorizassem, por meio de lei, o poder executivo a doar ou arrendar bens patrimoniais do governo do estado ao Tribunal Regional Eleitoral do Amapá.
O saudoso governador Annibal Barcellos cedeu em regime de comodato um prédio desativado no atual terreno, hoje edificado o nosso TRE onde foram realizadas reformas e adaptações, que só foi possível com uma ação conjunta dos presidentes – TRE/AP e do TSE (desembargador Gilberto Pinheiro e ministro Sepúlveda Pertence) e apoio do ministro Cid Flaquer Scartezinni.
Atualmente a Justiça Eleitoral do Estado do Amapá conta com sede própria, 10 zonas eleitorais nos municípios com objetivo de melhor atender a população em todo o estado, fazendo valer a missão de garantir e concretizar a democracia.

O prédio do Tribunal Regional Eleitoral e seus anexos compõem um complexo que conta com a Casa da Cidadania.