A primeira escolha para Capital foi Amapá. Macapá foi definida como Capital 4 meses depois da criação do Território.
Amanhã, dia 13 de setembro de 2023 o amapaense pode comemorar o 80º aniversário de criação do ex-Território Federal do Amapá, por Decreto-Lei que recebeu o n.º 5.812/43, juntamente com outros quatro territórios federais: Guaporé, Rio Branco, Iguaçu e Ponta Porã.
O primeiro governador do Território Federal do Amapá foi designado no dia 27 de dezembro de 1943 pelo então presidente da República, Getúlio Vargas, que escolheu o capitão Janary Gentil Nunes para assumir o cargo.
O § 1.º do artigo 1.º do Decreto-Lei n.º 5.812/43 define os limites do Território do Amapá assim: a Noroeste e Norte, pela linha de limites com as Guianas Holandesas e Francesa; a Nordeste e Leste, com o Oceano Atlântico; a Sueste e Sul, o canal do Norte e o braço norte do rio Amazonas até à foz do rio Jari; a Sudoeste e Oeste, o rio Jari, da sua foz até às cabeceiras na Serra do Tumucumaque.
Ao chegar à região do Território Amapá, em 27 de dezembro de 1943, para assumir o posto de primeiro governador, Janary Nunes pretendia que o núcleo administrativo fosse instalado em Amapá e, como consequência, lá fixar a capital.
Depois de manter os primeiros contados, o governador designado observou o possível isolamento geográfico ao qual ficaria submetido, desistiu da ideia e resolveu instalar a administração territorial em Macapá, considerada mais acessível, inclusive por via fluvial, e com estrutura urbana mais organizada e promissora.
Assim, Janary Nunes instalou o governo territorial na cidade de Macapá em 25 de janeiro de 1944. Em maio de 1944, através do Decreto-Lei 6.550/1944, ficou definido, oficialmente, que Macapá, fundada em 4 de fevereiro de 1758, passa a ser a capital do território federal e que o território estaria formado por três municípios: Amapá, Macapá e Mazagão. Decreto, por isso, retificava sensivelmente os limites geográficos estabelecidos no Decreto de Criação.
Em 1945 houve o desmembramento de parte do município de Amapá para constituir o município de Oiapoque e, em 1957, o município de Amapá foi novamente desmembrado para constituir o município de Calçoene.
A Constituição Federal de 1988 definiu, no art. 14 do Ato das Disposições Transitórias que o Território Federal do Amapá estava transformado em Estado Federado, mantidos os seus atuais limites geográficos e que a instalação do novel Estado, conforme § 1.º do mesmo artigo 14, se daria com a posse dos governadores eleitos em 1990.
Os constituintes eleitos em 1990 e que tomaram posse no dia 1.º de janeiro daquele ano, para escrever a Constituição do Estado do Amapá, decidiram nas Disposições Constitucionais da Constituição do Estado do Amapá, no artigo 395 que “o Dia 13 de Setembro, data magna do Amapá, é feriado em todo o território do Estado.